それはまず、池田班が、比較の対象とはならない別の数値を比較していることだ。「患者で84%（鹿児島大）、71%（信州大）」という数値は、患者集団の「遺伝子（正確には、アレル）保有率」であり、「日本人全体で4割程度」という数値は、日本人が保有する「遺伝子頻度（アレル頻度）」だからである。
池田班のやっていることをわかりやすいたとえで言えばこうだ。夫婦12組、計24人のある集団の収入を調査したところ、少なくともどちらか1人が500万円以上の収入のある夫婦が11組あった。働く日本人全体の40から50％が年収500万円以上であることがわかっているとする。だからこの集団は平均より年収500万円以上の人の割合が多い。これは本当だろうか。11組すべてでどちらか1人だけが500万円以上稼いでいたとすれば、11/24x100=45.8（％）である。これは日本人の平均40から50％と変わりない。
詳しく説明する。HLA型は父・母の両親から各1個ずつ引き継ぐ2個の遺伝子により決まっている。例えば、12人の患者がいれば、遺伝子は24 個ある。「遺伝子保有率」とは12 人の患者において2個のうち1個でも特定のHLA型を持っている人の割合(●/12人)であり、「遺伝子頻度」とは24個の遺伝子のうち特定のHLA型が占める割合(▲/24個)のことである。
比較してはいけないものを比較する
ここで*05:01型をA、*05:01以外の型をaと表すとする。HLA-DPB1はAA（ホモ）、Aa（ヘテロ）、aaの3通りのパターンがある。仮に計12名、AA、Aa、aaがそれぞれ3名、6名、3名の集団があったとすると、*05:01の「保有率」は12 名中9名で75%だが、「遺伝子頻度」は24個中12個、すなわち、50%となる。保有率と頻度はまったく別のもので、同じ集団の異なるものを見ていることが分かるだろう。
筆者は改めて正しい比較を、すなわち、遺伝子頻度同士の比較を行うため、まずはAA、Aa、aaを保有する人の人数の再現を試みた。
