高野川と賀茂川の合流地に分立された下鴨神社
社伝では崇神天皇の時代に神社の瑞垣（みずがき）が造営されたとし、下鴨神社の創祀はこれをさらにさかのぼることになっている。しかし、下鴨神社の史料上の初出とされているのは『続日本後紀』承和15年（848）２月21日条で、そこには「賀茂御祖大社禰宜の下鴨県主広雄らが『去る天平勝宝２年（750）に御戸代田（神田）１町が奉充されましたが、これ以降、増えておりません。これでは足りませんので、賀茂別雷神社に準じて１町を加増してください』と訴えた」ということが記されている。
これによれば、奈良時代なかばの天平勝宝２年（750）には下鴨神社の神田が存在し、財政的基盤を確立していたのだから、遅くともそれまでには下鴨神社が創祀されていたということになる。
一方、賀茂神社縁起である『山城国風土記』逸文の「賀茂社」条は、のちほど詳述するように、下鴨神社の前身とみられる神社に関しては言及がみられるのだが、「賀茂御祖神社」やこれに類する社名は出てこない。『山城国風土記』の正確な成立年は不明だが、元明天皇が諸国に『風土記』編纂を命じたのが和銅６年（713）である。そこで、『山城国風土記』の成立を大ざっぱに720年前後（奈良時代のはじめ）と仮定すると、その時点では下鴨神社はまだ存在していなかったことになる。
こうしたことを踏まえるならば、下鴨神社の成立を720～750年頃とする仮説を立てることができよう。そしてここからさらに考えを広げるならば、「奈良時代のはじめ頃までは賀茂神社といえばひとつしかなく、それは現在の上賀茂神社にあたるものだった。しかし、しばらくすると、高野川と賀茂川の合流地付近にあった摂社を独立させるようなかたちで下鴨神社が誕生した」という推測も成り立つ。
仮にこの見方が正しいとして、では、なぜ下鴨神社が分立されたのか。歴史学者の井上光貞氏は、この謎に対して、『日本古代国家の研究』（1965年）の中である仮説を提示している。わかりやすくまとめるならば、およそ次のようになる。
「７世紀末から８世紀前半にかけて、賀茂神社では賀茂祭が群衆も参加して非常に盛大に行われるようになり、ときに乱闘が生じるほどだった。このことを危険視した朝廷側は、賀茂神社を弱体化させるべく２つに分けることとし、下鴨神社を新たに創祀させたのではないか」
たしかに、賀茂祭の度を超したにぎわいに朝廷が神経をとがらせていたらしいことは、賀茂祭の会集や騎射を禁止・制限する命令が１度ならず出されていた事実からもうかがえる（『続日本紀』文武天皇２年〔698〕３月21日条、大宝２年〔702〕４月３日条など）。
井上氏は下鴨神社の分立に伴って、賀茂神社の神官を務めてきた賀茂一族も分立したとしている。そして下鴨神社の社家鴨氏（鴨県主）の古系図を考証し、分立後、下鴨神社の最初の禰宜を務めたのは、系図上の始祖大伊乃伎命之子（おおいのきのみことのこ／賀茂建角身命の12世孫だという）の８世孫鴨主国だろうと推定している。主国は、古系図の注記によれば天平年間（729～749年）に禰宜になった人物である。
結局、下鴨神社の分立は、国家が統制に乗り出さざるを得ないほどに賀茂神社の神威が強力なものとして認識されていたことの裏返しだろう。朝廷は京都盆地で賀茂氏が強大化することを恐れた、という見方も可能である。
しかし、結果から言えば、賀茂神社の勢いがこうした措置によって抑えられることはなかった。しかも平安京ができると、都の古社である下・上賀茂社は皇室から篤い崇敬を受けるようになり、王城鎮護の神社として伊勢神宮に次ぐ存在になってゆく。
