「大学の自治」の視点
関大臣の言葉通り、大学での研究のあり方は各大学が判断すべきもの、言い換えれば各大学の自治の範疇である。ただし、大学は社会に貢献し得る有為の人材を育て、研究成果を社会に還元するなどの社会的責任を有すると同時に、様々な補助金の形で国民の血税を受け取る立場にある。こうした社会における大学の位置づけを踏まえれば、大学の自治は公明正大であるべきであり、閉鎖的、あるいは権威主義的なものであってはならない。
大学の公明正大な自治においては、適切なガバナンスとコンプライアンスの下、学内の関係者による自由で公正で透明性ある議論を経て決定するとともに、その決定の内容とプロセスを可能な限り社会に説明して信頼を得ることが求められる。大学での軍事関連の研究のあり方についても、こうした公明正大な自治の下で判断されるべきものであろう。
例えば、日本学術会議は17年に「安全保障技術研究推進制度」に焦点を当て、軍事的安全保障研究と見なされる可能性のある研究について、その適切性を目的、方法、応用の妥当性の観点から技術的・倫理的に審査する制度を設けるべきとする声明を発表した。この声明を踏まえて、同制度への応募について審査する大学もあるが、一部の大学では同制度への申請を事実上、禁止している。
なお、日本学術会議が22年に「軍事目的と民生目的（デュアルユース：軍民両用）の厳密な線引きは困難である」とする姿勢に転換してからは、禁止から審査に転換する大学も見られる。こうした各大学の判断は大学の自治の範疇であるが、その判断が公明正大な自治の下で行われているか、各大学には説明責任がある。
「学問の自由」の視点
大学における軍事関連の研究について考える時、「大学の自治」と同時に、学問の生命線と言える「学問の自由」が担保されているかという視点も重要となる。もちろん、「学問の自由」は無制限に認められるものではなく、研究倫理の保持、コンプライアンスなどが大前提となる。しかし、これらの大前提をクリアする学問（研究）を、その内容を理由として禁止したり、制約を加えたりすることは妥当であろうか。
軍事関連の研究や教育は日本ではタブー視されがちだが、外国では一般的だ。例えば、英国のロンドン大学の キングス・カレッジ・ロンドンには戦争学部（Department of War Studies）があり、軍事に関する学問的な研究や教育が行われている。
日本で軍事関連の研究や教育がタブー視される理由は、研究者が戦争への協力に動員された過去への反省があるとされている。しかし、それが果たして現在の日本の大学で軍事を研究したり学んだりする自由を奪う理由になるのか、また、その「過去」において「学問の自由」を奪ったことを現在の日本でも繰り返すのか、これらについて問い直す必要があるだろう。
