ところがMELには大きな問題がある。認証取得後に違法操業を行った境港のベニズワイガニ漁業や、IUCN（国際自然保護連合）により絶滅危惧種に指定され、国際的に問題視されている太平洋クロマグロの巻き網漁など、持続性という点から首を傾げざるを得ないものも認証されているのである。
また、MELは認証基準は公表しているが、どの項目にどれぐらいの点をつけたのか数量的な基準がなく、審査報告書すら一部の概要を除き公開されていない。透明性や外部への説明責任を欠いていると言わざるを得ない。
AELはこれに輪をかけて不透明である。現在19養殖業がAEL認証を付与されているが、AELは審査項目を列挙した文書を公開しているのみで、どのような審査を経て認証に至ったか、その概要すら一切明らかでない。加えて、認証された19のうちの17は、16年度末ぎりぎりの17年3月27日が認証取得日となっており、そのいずれもが認証取得のための水産庁補助金の交付対象とされている。17もの認証を一挙に付与するために必要となる作業量は想像を絶するものがあり、関係者の超人的な作業ぶりに驚く一方、認証取得が補助金の切れ目の3月末になっているのは、単なる偶然なのであろうか。
さらに、MELとAELの審査業務を行っている水産資源保護協会の理事にはMEL運営者の大日本水産会の常務理事が含まれているうえ、元水産官僚が副会長に就いている。審査の補助金は水産資源保護協会に流れているため、水産庁の天下り先に税金を回していることになる。
水産物の認証制度についてはFAOがガイドラインを作成しており、審査機関（この場合、水産資源保護協会）は認証制度運営機関（この場合、大日本水産会及び日本食育者協会）とは財政的にも法的にも独立しており、認証審査以外で漁業・養殖業に対して商業的、財政的、及びその他の利害関係を有してはならないとしている。
FAOガイドラインは水産認証制度が「グローバルスタンダード」であるベンチマークとして国際社会で現在用いられているため、これを満たさないMELとAELは日本ローカルの「ガラパゴススタンダード」としてしか通用しない。そもそも国際展開を目指す企業としては、ガラパゴス認証を積極的に扱うインセンティブは存在しないため、日本でもMELやAEL認証マークを大手スーパーの店頭で見る機会はゼロに等しい。結果として天下り団体の「持続性」の確保にしか資さないものと化している。
週休一日でもOK
笑えない「資源管理計画」
その不透明な運営と認証に目を瞑（つむ）りMELとAELを全て調達に含めたとしても、認証漁業・養殖業は約50程度にしか過ぎない。これでは東京五輪に日本産の水産物を提供できないと考えた水産庁と水産業界は、「ガラパゴス認証」に加え、さらなる独自の基準も取り入れたのである。
