日本史における疫病の歴史をたどってみたい。そこから窺えるものは何か？
最初の疫病は、『日本書紀』（以下『紀』）の崇神（すじん）天皇５年条に登場する。
〈国内に疾疫（えのやまい）多くして、民死亡（まか）れる者有りて、且大半（なかばにす）ぎなむとす（国内に疫病が流行し、死ぬ者が多く、民の半分ほどだった）〉
この一文は、伊勢神宮など主要な３つの神社の起源説話の契機とされる。
ハツクニシラススメラミコト（御肇国天皇）と称され、ヤマト王権の実質的初代天皇とされる第10代崇神は、磯城（しき・奈良県桜井市）の瑞籬宮（みずがきのみや）に宮都を定めた。
次の年、崇神は天神地祇（てんじんちぎ）に祈ったが民の離反は止まらない。顧みると、宮中に（天神の）アマテラス（天照大神）と（地方神の）倭大国魂（やまとおおくにたま）神の２神を並べて祀（まつ）っていた。神霊が強く両神が合わないのかと、皇女２人が別々に祀ったがうまくいかない。
その後、夢やお告げの通り、太田田根子（たねこ）を探して（三輪山の）大物主神を、長尾市（ながおち）に倭大国魂神を祀らせたところ、崇神７年に疫病は収まり、五穀が実り国内は安定した。
つまり、天皇家の祀る太陽神（ここではアマテラス）と、農耕神（＝竜蛇神）の地方神は一緒に祀ると災いがあり、各自伝統の家柄の者が奉斎すべきだった、と教示する。
アマテラスに関しては、次の垂仁（すいにん）天皇の時代、皇女ヤマトヒメが鎮座地を求めて巡行し、「常世（とこよ）の浪の重波帰（しきなみよ）する国」である伊勢に至り、「社（やしろ）」を立てた、と『紀』は記す。
しかし、これは疑わしい。多くの研究者が指摘するように、アマテラスを祀る皇女・斎王（さいおう）の伊勢派遣は５世紀後半の第21代雄略天皇の時に始まり、斎宮（さいぐう）の制度として整ったのは７世紀後半の天武朝から、だからだ。
古代日本において天皇の権力がもっとも高まったのが第40代天武天皇の時代。天武は壬申（じんしん）の乱（672年）で皇位を奪取したが、行軍の途上で伊勢のアマテラスを望拝したことが勝利につながった。そこで伊勢神宮を設け、斎王による祭祀制度を確立したのだ。
世を騒がす次の疫病の記事は、『紀』の仏教伝来当時の起源説話である。
６世紀前半、百済（くだら）の聖明王から第29代欽明天皇の下に仏像や経典が贈られた。
いわゆる「仏教公伝」だが、外来の神の受容を巡っては、崇仏派（蘇我氏）と排仏派（物部氏や中臣氏）の間で激しい争いが起き、結果として疫病が流行したのだ。
天皇自身は受容せず、蘇我稲目に礼拝を任せたところ疫病が発生、多数の民が亡くなった。そこで物部尾輿（おこし）らは天皇の同意を得て、蘇我氏所有の仏像を難波の堀に投げ棄て、建てた伽藍に火をつけて焼失させた。
対立は次の世代も続き、蘇我馬子と物部守屋が争った時にも疫病の惨劇が発生した。
かくして第31代用明天皇の崩御の年（587年）、馬子は厩戸（うまやど）皇子（聖徳太子）らと共に決起し、物部守屋の一族を滅ぼした。崇仏派の全面的な勝利である。
外国の宗教である仏教を受け入れた「祟り」とされる疫病は、現在の天然痘だった（崇神朝の疫病にも天然痘説がある）。
ともあれ、古代の天皇は何よりもまず神を祀る司祭者であったため、国家にとって最重要事の祭祀対象の改変に際しては、（天皇としての資質を問うような）多数の民を巻き込む悲劇（疫病）が付随した、と思われる。
同格だった神仏の関係が崩れる
ちなみに田村圓澄『仏教伝来と古代日本』（講談社学術文庫、1986年）によれば、蘇我氏が滅ぼされた645年の大化改新（正しくは乙巳（いっし）の変）の理由の一つは、「天皇家が仏法興隆の主導権を、蘇我氏から奪取することだった」と記述する。
その後、王権神授説（『金光明経』など）で天皇支持を明確にした仏教は、天武朝以降は鎮護国家の国家仏教として普及した。
そして平城京の第45代聖武天皇が大仏造営を発願した時、始祖神（八幡神）を祀る宇佐八幡宮は「天神地祇を率いて成就させる」と託宣した。前掲書によればこの時、それまで同格だった神仏の関係が崩れ、「仏」が「神」より格上の救済者になった、と指摘する。
